Le modèle économique qui a permis à Africa n°1 d'atteindre la rentabilité a commencé à être remis en cause l'année même où la radio engrangeait ses premiers bénéfices. Dès 1991, l'ouverture du paysage audiovisuel dans la plupart des pays d'Afrique francophone a entraîné une course aux fréquences. Africa n°1 a installé son premier émetteur en modulation de fréquence en 1992, un an après son principal concurrent, Radio France Internationale. Aujourd'hui, la radio panafricaine possède 19 fréquences FM en Afrique
, dont 17 en Afrique francophone. Mais sur la même zone (hors Océan indien), RFI aligne 64 émetteurs et la BBC, 29. Parallèlement, l'intérêt de la diffusion en ondes courtes a fortement décliné
et plus aucun diffuseur ne loue désormais à Africa n°1 ses installations de Moyabi. Cette évolution des habitudes d'écoute, ajoutée au retard accumulé par rapport aux concurrents en termes de réseau de diffusion, explique en partie la chute de l'audience globale d'Africa n°1. Mais d'autres facteurs entrent en jeu. Après 2002, la radio, déstabilisée par le retrait de la SOFIRAD, son principal actionnaire, a ainsi réduit son effectif de moitié.
Abandonné par son partenaire français, l'État gabonais doit assumer seul le fonctionnement d'Africa n°1 jusqu'à l'arrivée d'un nouvel actionnaire majoritaire, la
Libyan Jamahirya Broadcasting. La Libye entre au capital de la radio dès 2006 mais c'est en 2007 qu'elle en prend le contrôle, avec 52 % des parts. Malgré cette offensive, le patron historique de la station, Louis Barthélémy Mapangou, reste en place jusqu'en avril 2010. Pendant cette période de transition, Africa n°1 connaît une véritable
descente aux enfers : difficultés financières, plan social avec des dizaines de licenciements, grèves, et même, en avril 2010, une coupure d'eau consécutive à l'accumulation de factures impayées. Les difficultés de la radio affectent ses installations de diffusion dont certaines nécessitent ce qu'un responsable appelle pudiquement une « remise à niveau technique ». Le départ de nombreux journalistes et animateurs n'est pas sans effet sur les programmes. Un auditeur s'étonne d'avoir entendu longuement un soir les élucubrations d'un marabout proposant ses services à des clients potentiels en quête de « retour d'affection ». Il semble que les difficultés de réception et les bouleversements de la grille aient fini par rebuter bon nombre d'auditeurs. La radio n'a plus commandé la moindre étude d'audiences en Afrique depuis le retrait de la SOFIRAD, mais les enquêtes réalisées à l'initiative de sa concurrente Radio France Internationale en 2009 et 2010 témoignent de son déclin.
Africa n°1 devancée par RFI... et la BBC
Marginalisée dans la plupart des capitales africaines, alors qu'autrefois, il lui arrivait d'être en tête , Africa n°1 ne conserve une audience honorable que dans son fief gabonais où elle est, cependant, largement devancée par Radio France Internationale.